Первоначальный храм был заложен 29 июня 1871 года на правом берегу реки Сестры (на нынешней площади Свободы). В 1931 году храм был закрыт, а в 1932 — 1933 годы и вовсе разобран. В 2003 году приход церкви Петра и Павла приступил к возведению недалеко от Никольской часовни нового храма, взамен разрушенного. 12 июля 2002 года состоялась торжественная закладка камня у основания будущего храма.
Часовня св. Николая Чудотворца посвящена памяти всех погибших российских моряков-подводников. Внутри деревянной часовни расположены 4 памятные доски с названиями погибших за всю историю российского подводного флота субмарин.
Потаённое судно было построено в 1721 — 1724 годах по указанию Петра I русским плотником Ефимом Никоновым.